ביום 15.9.03 החליטה הממשלה "לאחד את ניהול נושא גביית המסים תחת מנהל ראשי אחד, להסמיך אותו עפ"י חוק להפעיל את חוקי המס הרלוונטיים". בהמשך להחלטה זו אישרה הממשלה את מינויו של מר איתן רוב לתפקיד נציב מס הכנסה ומיסוי מקרקעין החל מיום 1.7.04 וזאת בנוסף על תפקידו כמנהל אגף המכס והמע"מ.
ביום 1.7.04 נכנס מר איתן רוב לתפקידו ובכך החל תהליך האיחוד לבוא לידי ביטוי מעשי תחת הנהגה ניהולית אחת.
ביום 1.9.04 הוקמה הלכה למעשה רשות המסים בישראל המאחדת את אגף מס הכנסה ומסוי מקרקעין, אגף המכס והמע"מ ושע"מ.

הקמת רשות המסים מהווה מהלך בעל חשיבות, לא רק בהיבט של התייעלות מערכת המס ושיפור השירות לציבור, אלא גם כחלק בלתי נפרד ממערכת אכיפת החוק בישראל.
מהלך האיחוד יצא לדרך ב - 1 לספטמבר 2004, אולם כבר כיום נראה כי לא ניתן לדמיין את מערכת המס בלא התנהלות משולבת ואחידה של התחומים השונים.
במסגרת האיחוד נקבעות, חדשות לבקרים, נורמות התנהלות חדשות, תוך חיזוק המחוייבות הציבורית לשקיפות מלאה.

ביחידות הרשות, ההנהלה ויחידות השדה, עובדים כ - 5,500 עובדים.
הרשות כוללת את היחידות הבאות:
מאגף מס הכנסה לשעבר - 26 משרדי שומה אזוריים, 10 משרדי מיסוי מקרקעין אזוריים, 3 משרדי חקירות אזוריים, 3 יחידות הוצאה לפועל אזוריות, יחידת מודיעין שטח ויחידת מיסוי בינלאומי.
מאגף מע"מ ומכס לשעבר - 17 תחנות מע"מ (כולל 3 יחידות מס קניה אזוריות), 6 בתי מכס, 4 יחידות חקירות, כולל יחידת מודיעין ארצית ויחידת מטה למניעת הברחות סמים, 11 מעברי גבול יבשתיים, ו - 1 יחידת קישור מע"מ לרשות הפלסטינית (קמר"פ).

בנושאי מס הכנסה ומיסוי מקרקעין ממונה רשות המסים על גביית מסים ישירים, מסי מקרקעין, היטלים מיוחדים, מסים משכר ומסים מרווחים על פי החוק. הרשות פועלת בתוקף חוקים, תקנות והוראות שעיקרם: פקודת מס הכנסה, חוק מס שבח מקרקעין, חוק מס רכוש וקרן פיצויים, חוקי עידוד, חוק מס ערך מוסף (מס שכר ורווח), חוק מס מעסיקים, חוק עבירות מינהליות, פקודת המסים והגבייה, חוק מס הכנסה (מיסוי בתנאי אינפלציה), חוק מס הכנסה (תיאומים בשל אינפלציה), הוראות שונות המתייחסות למסים הכלולות בחוקים ובתקנות.

בנושאי מכס ומע"מ ממונה רשות המסים על גביית המסים העקיפים, המוטלים על צריכת סחורות ושירותים. המסים אותם גובים המשרדים הם: מס ערך מוסף - המוטל בשיעור אחיד על כל הפעולות במשק, מכס - המוטל על סחורות מיבוא, מס קנייה - המוטל הן על הייצור המקומי והן על היבוא, בלו דלק - מס קצוב המוטל על כל סוגי הדלק, ומס בולים - על מסמכים.

גבית מסים
תפקידה העיקרי של הרשות הוא לגבות את המסים הבאים:

1. מסים ישירים
   מסים ישירים מוטלים על רווחים של יחידים וחברות, הן מפעילות כלכלית שוטפת והן מעסקאות הון חד פעמיות. מס הכנסה מוטל באופן פרוגרסיבי על רווחיהם של יחידים ואילו מס חברות מוטל בשיעור קבוע (34%) על רווחיהן של חברות. מס רווח הון ומס שבח מקרקעין מוטלים על רווחים מעסקאות הון של יחידים וחברות בשיעור החל על רווחיהם השוטפים.
2. מסים על מקרקעין
   עם ביטולו של מס רכוש, שהוטל על קרקעות המיועדות לבניה באופן שוטף, נותרו מסים המוטלים על עסקאות בקרקעות - מס מכירה המוטל על המוכר ומס רכישה המוטל על הרוכש.
   

   למעשה, להבדיל ממס שבח המוטל על הרווח במכירת קרקע, מסים אלה אינם מסים ישירים, היינו הם אינם מוטלים על הרווח אלא מחושבים כשיעור משווי הנכס הנמכר.

3. מס עקיף על מוסדות כספיים ומלכ"רים
   מס שכר ורווח המוטל על מוסדות כספיים ומס שכר המוטל על מלכ"רים מקורם בחוק מע"מ וגבייתם מוטלת מכוח החוק על מס הכנסה.
   

   הטלת מע"מ על השירותים שנותנים הגופים האמורים מסובכת מבחינה טכנית ולפיכך בחר המחוקק בחלופה שוות ערך מבחינה כלכלית אך המחושבת מבחינה טכנית כפונקציה של רווחי ארגונים אלה והשכר שהם משלמים - שני פרמטרים המהווים בסיס לחישוב מס הכנסה ומכאן הטעם להטלת גבייתם על רשות המסים.

4. מס מעסיקים
   מס מעסיקים מוטל על מעבידים בשיעור מהמשכורות שהם משלמים. המס מוטל כיום רק על מעסיקים במגזר הציבורי.
5. מע"מ
   מס ערך מוסף מהווה מקור הכנסה עיקרי בתחום המיסוי העקיף. המס הוא בשיעור אחיד של 15.5% ומוטל על סך המכירות בניכוי סך קניית תשומות, מוצרי ביניים והשקעה לסוגיה. המס הוא רב שלבי כשבסופו של דבר הוא ניגבה על כלל הצריכה, הן הפרטית והן הציבורית. בסיס המס אינו כולל את ההשקעות ואת הייצוא, אך כולל את הייבוא המיועד לצריכה. מספר יוצאים מהכלל, פטורים ושיעורי אפס: הייצוא, שירותי תיירות נכנסת, מכירת פירות וירקות, הובלה בינלאומית של מטענים, השכרת דירות, חוק אילת.
6. מכס
   המכס הוא מס המוטל על היבוא בלבד, מטרתו העיקרית להגן על הייצור המקומי מפני ייבוא מתחרה.
   המכס חל רק על קבוצות מוצרים מסוימות בייבוא מארצות שלישיות, רוב הייבוא לישראל פטור לחלוטין ממכס, בתוקף הסכמי סחר חופשי שעליהן חתמה ישראל עם השוק האירופי המשותף, ארה"ב, אפט"א וכו', בשנת 2000 רק 11.6% מן היבוא היה חייב במכס.
7. מס קניה
   מס קניה נגבה הן ביבוא והן בייצור המקומי, בשיעורים שונים, על קבוצות פריטים מצומצמות ומוגדרות. עיקר ההכנסה בסעיף זה היא מיבוא של כלי רכב, סיגריות ומוצרים בני-קיימא. המס מוטל בשיעורים זהים על היצור המקומי ועל היבוא, ומחושב כאחוז מהמחיר הסיטונאי.
   בראשית שנות התשעים הוחל במדיניות פישוט מס הקניה והפחתה הדרגתית של שיעורי המס.
8. בלו דלק
   המס על הדלק הוא מס קצוב החל על כל סוגי הדלק - בנזין, סולר, נפט, גז, פחם ומזוט. מתעדכן אחת לשלושה חודשים, לפי שיעור העלייה של מדד המחירים לצרכן.
9. מס בולים
   מוטל על ביול מסמכים שונים כגון: חוזים, מסמכים, שטרות, איגרות חוב. שיעור המס בין 0.4% ל - 1%.

משימות נוספות, מעבר לגביית מסים:

• אכיפת חוקי היבוא והיצוא במדינת ישראל למניעת פעילות בלתי חוקית בתחומים, כגון: תקן, בריאות, איכות סביבה, קניין רוחני, סמים, יבוא ממדינות אסורות והונאות מסחריות. בשנים האחרונות כתוצאה מהסכמים ואמנות בינלאומיים שנחתמו, הרשות הגבירה את פעילותה בתחומי הקניין הרוחני והלבנת ההון, חוקי המכס והתקנות תוקנו בהתאם להסכמים שנחתמו.
• המכס מפקח על כלל היבוא המסחרי לרש"פ, בכל נמלי הים, האוויר ובמעברי הגבול היבשתיים. כולל ביצוע הבדיקות הביטחוניות, בהיקפים הולכים וגדלים. במעברי הגבול היבשתיים אחראי המכס לבידוק הביטחוני של הסחורות של הנכנסים והיוצאים וכן לרכבים הנכנסים (כולל תקינות, רישיונות, ביטוח וכד').
• במקביל למגמת הורדת מיסי היבוא, מתרחב שיתוף הפעולה הבינלאומי בענייני מכס (כולל חקירות), פישוט הליכים ונהלים, קישור מערכות מידע, הצטרפות לאמנות בינלאומיות וריבוי הסכמי סחר חופשי.

בשנים האחרונות עברו תהליכי העבודה של הרשות מהפכה, תוך ניצול אמצעי המחשוב המתקדמים המאפשרים, מצד אחד, שיפור השירות ללקוחות ומצד שני, להדק את הפיקוח על אכיפת חוקי היבוא ותשלום המסים כחוק.

פיצויים בגין נזקי מלחמה ובצורת
תפקיד חשוב נוסף של הרשות הוא לאמוד נזקים ולשלם פיצויים לנפגעים מנזקי מלחמה ובצורת, בהתאם לחוק מס רכוש וקרן פיצויים התשכ"א-1961. התקציב לנושא מקורו בחוק מס רכוש והחל משנת 2000, לאור ביטול המס, ימומן ממס רכישה.

מטה מאוחד של הנהלת רשות המסים, בראשות סגני מנהל הרשות, מרכזים תחומי טיפול ייחודיים - בנושאים תפעוליים ומקצועיים. להלן המחלקות הפועלות במסגרת הרשות ותפקידיהן:

חטיבת משאבים ארגון וטכנולוגיה - החטיבה אחראית לפיתוח המשאב האנושי, לתאום פעולות הרשות עם גורמי פנים וחוץ, ארגונו וקביעת תהליכי עבודתו. החטיבה מרכזת את הטיפול בתקציב הרשות והקצאת משאבים (אנושיים חומריים ותקציבים) לפרויקטים ולפעילויות המבוצעים על ידי יחידותיו. בתחום המנהלי מרכזת החטיבה את הטיפול במשאבי אנוש, משק, מחשוב, הדרכה, הסברה ויחסי עבודה. החטיבה מופקדת גם על יצירת אינטגרציה בין היעדים, תוכניות העבודה והמשאבים.

חטיבת שומה וביקורת - אחראית על שלושה תחומים כדלקמן: שומת מס הכנסה (שכירים עצמאים וחברות), ביקורת חשבונות במע"מ ושומת מיסוי מקרקעין (שומות מס שבח, מס רכוש, מס רכישה ומס מכירה). בנוסף, החטיבה ממונה על אכיפת הוראות ניהול ספרים.
כמו כן, מטפלת החטיבה בפיצוי על נזקי מלחמה ובצורת.
לחטיבה אחריות כוללת ליישום אחיד של מדיניות השומה, הבטחת שלמות ונכונות הדיווחים המתקבלים מלקוחות במס הכנסה, מע"מ ומיסוי מקרקעין.
החטיבה מחליפה 3 חטיבות נפרדות שטיפלו בתחומים שלעיל.

חטיבת מודיעין וחקירות - חטיבת המודיעין והחקירות מטפלת בתיקים בהם קיימת אפשרות לעבירות פליליות ובלקוחות שאינם מצייתים להוראת חוקי המס. החטיבה עוסקת באיסוף החומר המשפטי, חשיפת העבירות והעמדת החומר הנדרש לצורך הגשת התביעות המשפטיות.

חטיבה מקצועית - לחטיבה אחריות כוללת לאחידות ביישום נכון של הוראות החוק בכל מכלול חוקי המס, הנחייתם המקצועית של עובדי השדה, הוצאת חוזרים מקצועיים המבהירים את הוראות חוקי המס, קביעת מדיניות הרשות בתחומים מקצועיים, ריכוז התחום של מיסוי בינלאומי וטיפול בפניות להחלטות מקדמיות. כמו כן יוזמת החטיבה חקיקה חדשה תוך התאמת החוק למציאות, מטפלת בכל הקשור לשינוי מבנה בגופים כלכליים, ואחראית על הטיפול בנושא קופות הגמל והמלכ"רים.

חטיבה משפטית - החטיבה המשפטית מטפלת בנושאים אזרחיים ופליליים כאחד. במישור האזרחי, מטפלת בתכנון וניסוח הצעות חוק ומעניקה סיוע משפטי ליחידות השדה, ליחידות המטה ולפרקליטות המדינה.
במישור הפלילי עוסקת בהכנת וניהול תיקים פליליים בשורת עבירות מהותיות במע"מ ומכס ובעבירות בסיסיות במע"מ, מכס ומס הכנסה.

החטיבה לאכיפת הגבייה - החטיבה לאכיפת הגביה אחראית לקביעת מדיניות הגביה ממערך העצמאיים, חברות, שכירים, ניכויים, מיסוי מקרקעין ומע"מ, ניהול החוב ומעקב על מבנה החוב, ואחריות כוללת לכל תהליכי אכיפת הגבייה.
החטיבה מפעילה מערכת אכיפה לגביית המס מכל המערכים ובמידת הצורך מפעילה גם את יחידות ההוצל"פ לטיפול בסרבני מס.

שע"מ - יחידה עצמאית המנהלת את כלל מערך ה- IT של רשות המיסים, פיתוח מערך מחשב תומך, מערך תשתיות מחשבים ותקשורת, מאגרי מידע וכד'.

ביקורת פנים ונציב קבילות - היחידה לביקורת פנים עוסקת בביקורות פנימיות בכל יחידות הרשות, לרבות שע"מ, ובבדיקת תלונות, על מנת לוודא כי תקויימנה הוראות החוק וההוראות המקצועיות, וכן לשם שמירה על טוהר המידות של עובדי הרשות בהתייחס להוראות החוק וההנחיות. היחידה מופקדת על יצירת מערך בקרה וביקורת שיטתית, בלתי תלויה ואובייקטיבית, שתאתר ליקויים, תפיק לקחים, תסיק מסקנות ותיתן המלצות לתיקון ולשיפור מיידי, הן מביקורות פנימיות והן מדו"ח מבקר המדינה.

חטיבת המכס - החטיבה מופקדת על קביעת מדיניות בתחום סחר החוץ, וניהול מערך סחר החוץ, אכיפת חוקי הייבוא ומניעת פעולות בלתי חוקיות (הונאות, סמים, קניין רוחני) ופיקוח על היבוא לרש"פ, כולל בידוק בטחוני.

חטיבת שירות לקוחות - החטיבה מופקדת על ממשק זמין, ידידותי ויעיל ללקוחות לצורכי מידע, דיווח ותשלום מסים, תוך דגש על הובלת תהליך ליצירת נקודת ממשק יחידה ללקוח עם הרשות, מענה במגע יחיד, צמצום החיכוך עם לקוחות "תמימים", שיפור הזמינות של המשרדים ללקוח ותמיכה בהעמקת הגבייה אגב פעילויות שירות מקדמות גבייה.

חטיבת תכנון וכלכלה - עוסקת בגיבוש אסטרטגיה חקיקתית ותפעולית, וכן בגיבוש חלופות לרפורמות חקיקה שונות והמלצה על מדיניות בתחום המיסוי.
אחראית על הוצאת תדריכים כלכליים, קווי הנחיה מקצועיים, תוכניות עבודה של הרשות, מדידה וחקר ביצועים של מחלקות הרשות ותכנון תומך בהגברת אפקטיביות הביצוע.

סמכויות
לשם מילוי תפקידה מפעילה הרשות סמכויות רחבות ורגישות לאיסוף מידע, עריכת שומות, ביצוע פעולות אכיפה לגביית המס וניהול חקירות והליכים במישור הפלילי.
גביית המס והפעלת הסמכויות מבוצעת בעיקר מכוח החוקים הבאים ומכוח התקנות צווים והוראות שייצאו מכוחם:

• פקודת מס הכנסה
• חוק מס ערך מוסף
• חוק מס שבח מקרקעין (החל משנת 2000 - חוק מיסוי מקרקעין, שבח, מכירה ורכישה)
• חוק מס רכוש וקרן פיצויים
• חוק מס מעסיקים
• חוקי עידוד שונים
• חוקי אינפלציה
• חוק העבירות המנהליות
• פקודת המסים (גביה)
• פקודת המכס
• חוק מס קניה
• חוק מס בולים
• חוק הבלו על המכס
• פקודת היבוא והיצוא
• חוק סוכני מכס
• חוק איסור הלבנת הון

סיכום הכנסות רשות המסים - 2004
הכנסות רשות המיסים בישראל בשנת 2004 הסתכמו בכ-146.7 מיליארד ₪ לעומת 139.8 מיליארד ₪ בשנת 2003. בניכוי הפרשי עיתוי, תיקוני חקיקה והתאמות לנתוני התקציב גדלו ההכנסות בשיעור ריאלי של 8%. יצויין כי במהלך 2004 הופחתו מיסים בהיקף כולל (נטו) של קרוב ל-5 מיליארד ₪ (לא כולל אגרות). נתוני 2004 התאפיינו באי סדירות גדולה, בין היתר לאור השביתות הרבות במשק; למרות זאת, ניתן לראות כי נתוני הגביה במחצית השניה של שנת 2004 מלמדים על התמתנות בקצב הגידול ביחס לשנה שעברה.
עיקר הגידול התבטא בגידול בהכנסות ממ"ה מחברות בשיעור של 21%, מיסוי מקרקעין גידול של 37%, וגידול בניכויים בשוק ההון ב - 55%.
בהכנסות ממיסים עקיפים נובע עיקר הגידול מהכנסות מיבוא: מע"מ יבוא גדל ב - 15%, מס קניה מיבוא גדל בשיעור של כ- 17% וההכנסות ממכס גדלו בכ- 15%.
ההכנסות ממיסים ישירים בשנת 2004 הסתכמו ב - 80.1 מיליארד ₪ לעומת 76.2 מיליארד ₪ בתקופה המקבילה אשתקד. בהגדרות רשות המיסים ובניכוי הפרשי עיתוי ותיקוני חקיקה גדלו ההכנסות בשיעור ריאלי של 8.4%. יש להדגיש כי במהלך השנה הופחתו שיעורי מס ההכנסה, ובכלל זה ניתן דגש על הפחתת המס בקרב השכבות היותר נמוכות (רמות שכר של 4,000 עד 10,000 ₪). במקביל, הופחת מס חברות ל-35% כחלק מהליך רב שנתי שיסתיים בשנת 2007 (30%). הגידול במס ההכנסה נובע בחלקו מגידול בהכנסות ממס החברות (22.5%).

בהכנסות ממיסים עקיפים בשנת 2004 נרשמה גביה בהיקף של כ- 66.5 מיליארד ₪ לעומת כ- 63.6 מיליארד ₪ בתקופה המקבילה אשתקד: בהגדרות רשות המיסים, בניכוי הפרשי עיתוי ובניכוי תיקוני חקיקה גדלו ההכנסות לעומת התקופה המקבילה אשתקד בשיעור ריאלי של כ- 7.3%. יש לזכור כי במהלך שנת 2004 הופחת שיעור המע"מ כמו גם מיסי הקניה על מוצרי חשמל לבית, מכסים על מוצרי מזון בסיסיים וביטול מס הקניה על ברזל ומוצרים סניטריים לענף הבניה. יצויין כי כמחצית מפער הנומינלי בגביה לעומת אשתקד (כ-3 מיליארד ₪), נובע מגידול ניכר ביבוא כלי רכב לאחר שנתיים רצופות של מכירות ברמות נמוכות ביותר.

בשנת 2004 הסתמנה מגמה ברורה של גידול ביבוא מוצרים בני קיימא וזאת הן לאור ההתאוששות בפעילות הכלכלית במשק בשנת 2004, כמו גם הפחתה משמעותית בשיעורי מס הקניה על שורה של מוצרי חשמל לבית. כפי שהוזכר בראשית הסקירה הגידול המשמעותי בהשוואה לשנת 2003 נרשם בעיקר במחצית הראשונה של השנה, אם כי גם במחצית השניה נרשם גידול ביבוא מוצרים בני קיימא אך שיעור הגידול התמתן.