מס הכנסה שלילי ישולם באופן הדרגתי תחילה באזורים המכונים בחוק "אזורי שילוב" (בהם פועלת תכנית ויסקונסין), כך שעד שנת 2010 תחול התכנית בכל הארץ. התשלום הראשון ישולם החל מה - 15 באוקטובר 2008 לזכאים שיגישו את בקשתם עד ל - 30 בספטמבר 2008, התשלום יועבר ישירות לחשבונות הבנק של הזכאים וכתוספת נטו לשכר מעבודה.
הישובים הכלולים בשלב הראשון הינם: ירושלים, אשקלון, שדרות, נצרת, נצרת עילית, עין מאהל, באקה-ג'ת, משמרות, עין עירון, ערערה, כפר פינס, כפר קרע, אור עקיבא, חדרה, פרדס חנה - כרכור, מועצה מקומית בסמ"ה (מועוויה, ברטעה ועין א-סאלה) ונתניה. לפי נתוני רשות המסים פוטנציאל הזכאים בשלב הראשון עומד על כ 60-70 אלף.
בשלב הראשון, למענק יהיו זכאים עובדים שבשנת המס 2007 היו שכירים תושבי ישובים
אלה, והנם בני 23 ומעלה עם ילד אחד או שניים, או שגילם 55 ומעלה (גם ללא ילדים)
ומשכורתכם באותה שנה הייתה גבוהה
מ- 1,810 ₪ ונמוכה מ- 5,367 ₪ או אם יש להם שלושה ילדים ומעלה ומשכורתכם הייתה
גבוהה מ- 1,810 ₪ ונמוכה מ- 5,895 ₪, ייתכן והם זכאים לקבל את מענק ההכנסה.
הבקשות לקבלת המענק יוגשו באחד מסניפי דואר ישראל בישובים הכלולים ב"אזור השילוב". בהליך פשוט וממוחשב והנתונים יועברו ישירות למחשבי הרשות. רשות המסים הפעילה מוקד מידע טלפוני בו יוכלו פונים לקבל פרטים בדבר זכאותם לקבלת המענק וכן לעקוב אחר מהלך הטיפול בפניה שהוגשה .
מנהל רשות המסים יהודה נסרדישי אמר היום כי מס הכנסה שלילי הוא בשורה אמיתית לבעלי ההכנסות הנמוכות, שכן מעתה, יוכלו עובדים אלו ליהנות מתוספת משמעותית לשכרם.
נסרדישי קרא היום לוועד עובדי מס הכנסה, להניח את המחלוקות בצד ולתת יד במאמץ
הכולל של רשות המסים לסייע להגדלת ההכנסה למשפחות הזקוקות לכך באופן מיידי. לדבריו
מדובר בפרויקט שמטרתו לשפר רווחתם של משפחות עובדים ברמות שכר נמוכות. דווקא
בתקופה זו הוא רואה חשיבות רבה בקידום הרפורמה במס הכנסה שלילי, שתקל על ההתמודדות
של משפחות רבות בישראל עם המצב.